二氧化氯消毒原理是二氧化氯在水的环境下，能吸附在病毒、细菌和微生物的细胞壁上，并穿透细胞壁，进入到细胞内，直接氧化细胞里的含硫基丙氨酸、色氨酸和酪氨酸等物质，从而消灭细菌。微生物的蛋白质合成也受到二氧化氯的控制，因此对真菌有明显的灭杀效果。
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